A história de Darksiders II começa quase ao mesmo tempo que a história do primeiro Darksiders. Depois que Guerra é condenado e enviado de volta à Terra, o Conselho Carbonizado informa sua situação para o restante dos Cavaleiros. O Cavaleiro Morte, sabendo que seu irmão Guerra é o mais honroso e incorrupto dos Cavaleiros, e que nunca teria começado o Apocalipse antes da hora, fica furioso. Crendo que seu irmão é vítima de uma conspiração, Morte ignora as ordens do Conselho e parte em uma missão pessoal para provar a inocência de Guerra. Morte viaja até os Reinos Inferiores, um lugar entre o Céu e o Inferno, para pedir favores para os poderosos seres que governam aquele reino.